Seattle - een baby wordt uit haar wiegje ontvoerd, de oppas blijft bewusteloos achter. Al snel blijkt dat deze zaak niet op zichzelf staat: ook in andere steden zijn kinderen spoorloos verdwenen. De pers doopt de dader 'de Rattenvanger', want overal waar een baby verdwijnt laat de ontvoerder een goedkoop speelgoedfluitje achter.
Inspecteur Lou Boldt en politiepsychiloge Daphne Matthews worden op deze hachelijke zaak gezet, maar zij staan voor een bijna onmogelijke opgave. Bewijsmateriaal verdwijnt, dossiers raken zoek en getuigen worden over het hoofd gezien. De dader moet een informant binnen de politie hebben. Boldt en Matthews beseffen dat ze razendsnel moeten handelen als ze de ontvoerde kinderen levend terug willen zien. Of is het al te laat?