Nog tijdens de lopende missie in voormalig Joegoslavië ontstond in 1998 een nieuw
conflict tussen Kosovo en Servië. Dat leidde tot de inzet van NAVO-grondtroepen en
bombardementen waaraan Nederland ook deelnam. In juni 1999 werd een staakt-het-vuren
afgekondigd en trok vredesmacht KFOR binnen in Kosovo. Nederland zette ruim 5.000
militairen in waarvan er een om het leven kwam.
Nederland zette in juni 1999 - in de Adriatische Zee - ook de onderzeeboot Hr. Ms. Dolfijn
in. De Serviërs hadden zich namelijk bij het uiteenvallen van Joegoslavië meester gemaakt
van de Kroatische vloot, inclusief onderzeeboten van het type Sava en Heroj. Deze uiterst
geheime operatie had onder andere tot doel het uitschakelen daarvan, indien nodig. Met de
Dolfijn werden 58 bemanningsleden ingezet.