In de Atlas Amsterdam staat de ruimtelijke ontwikkeling van Amsterdam vanaf haar ontstaansgeschiedenis centraal. De Atlas beschrijft de stedelijke structuur, zoals die in de loop der eeuwen gestalte heeft gekregen, waarbij zowel de bodem als de mensen die er leefden hun sporen hebben achtergelaten. Aan de hand van kaarten en tekeningen wordt zichtbaar gemaakt dat deze structuur, met de transformaties die ze heeft ondergaan, op veel plekken in de stad te herkennen is. Deze kennis van het verleden is onontbeerlijk voor iedereen die betrokken is bij het heden en bij de toekomst van Amsterdam.

De Atlas begint in de prehistorie, met de doorbraken van de zee en de groei van het veen onder het huidige Amsterdam, en eindigt met de ingrepen waar we nu getuige van zijn, zoals de aanleg van het IJtunneltracé en van IJburg. Beschreven wordt hoe Amsterdam ontstaat als marktstad, zich van daaruit ontwikkelt tot handelsmetropool, uitgroeit tot hoofdstad, en in de twintigste eeuw de ontwikkeling doormaakt van arbeidsstad naar dienstenstad.

De Atlas Amsterdam is een boeiende en leerrijke zoektocht naar het collectieve geheugen van de stad, zoals die aanwezig is in de straten, gebouwen, grachten, havens en buurten van Amsterdam.