Zware voorjaarsregens, die dag en nacht aanhouden, hebben het openbare leven in New York volledig platgelegd. In sommige wijken is de stroom uitgevallen en er komen meldingen binnen van mensen die geelektrocuteerd zijn door neerstortende elektriciteitskabels. De metrostations staan onder water en het openbaar vervoer is stil komen te liggen.
Geplaagd door deze zondvloed moet het CSI-team maar liefst drie gecompliceerde moorden zien op te lossen..