Top Secret vertelt hoe James en zijn zusje Lauren na de dood van hun moeder worden gerekruteerd door CHERUB. Na een loodzware training die 100 dagen duurt wordt James op zijn eerste missie gestuurd: Infiltreren bij milieuactivisten die een terroristische aanslag voorbereiden. Hoe kom je als politie of geheime dienst bij een verdachte terrorist binnen? Zo iemand laat geen onbekenden toe. Maar zijn kinderen nemen wel gewoon hun schoolvriendjes mee naar huis. Niemand komt natuurlijk op het idee dat zon vriendje een undercoveragent zou kunnen zijn. CHERUB is een supergeheime afdeling van de Britse geheime dient. Wat CHERUB zo bijzonder maakt is dat de agenten allemaal tussen de 11 en 17 jaar oud zijn. Zij wonen op de CHERUB-campus en zijn speciaal getraind om undercoverwerk te verrichten.