Plaats van handeling:
De Republiek der Zeven Verenigde Provinci?n en de Nieuwe Wereld. Hoofdpersoon: arts en jurist Menno Molenaar, die na de vroege dood van zijn vader het genadebrood van zijn Rotterdamse koopmansfamilie eet, en eenzaam en koppig zijn weg zoekt. De jonge Menno Molenaar komt aan de Leidse Alma Mater in contact met twee werelden: die van de perverse Engelse lakenreder Dixon en die van de jonge radicale denkers rond Spinoza. Met een van hen, Adriaan Koerbagh, sluit hij vriendschap. Molenaar rondt zowel een studie rechten als medicijnen af. Ondanks zijn voorkeur voor de geneeskunst wordt hij door Dixon naar Den Haag gemanoeuvreerd om daar in dienst van raadspensionaris Johan de Witt informatie te verzamelen die de Engelsen in hun eeuwige conflict met de Nederlanden goed kunnen gebruiken. De werelden van de radicale, integere denkers en die van de rijke Engelsman en diens naar liefde hunkerende vrouw raken op voor Menno Molenaar onverdraaglijke wijze met elkaar verknoopt. Als de druk die Dixon geestelijk en lichamelijk op hem uitoefent te groot wordt, kiest hij voor een rigoureuze daad van extreem geweld, waarna hij scheep gaat naar de Nieuwe Wereld.

In New York probeert Menno Molenaar in het reine te komen met het turbulente verleden. Hij streeft de vestiging van een ideale gemeenschap na volgens de regels van zijn radicale vrienden. Maar idealen laten zich niet zomaar realiseren en de last van het onbuigzame lot bepaalt uiteindelijk het teken waarin zijn leven definitief komt te staan.

Dat is het verhaal van Menno Molenaar.
Maar er is meer...

Nelleke Noordervliet is onderdeel van het verhaal, zij wandelt met Menno Molenaar door het decor van zijn verleden. Zij schrijft zijn geschiedenis, die een vertekening is van de echte geschiedenis. Kan zij immers het verleden echt kennen, echt begrijpen? Ziet ze niet wat ze kent: de problemen van haar eigen tijd teruggeplaatst in het verleden? Om haar blikveld te verruimen vervlecht Nelleke Noordervliet haar verhaal van Menno Molenaar met persoonlijke getuigenissen van mensen die Menno's leven delen - historische personages als Lieuwe van Aitzema en Johan de Witt, en fictieve personages want Vrij man is en blijft een roman.