De Tweede Wereldoorlog is in volle gang en het aantal deportaties uit het getto neemt elke dag toe. Nadat alle pogingen om een schuilplaats voor de elfjarige Hugo te vinden zijn mislukt, besluit zijn moeder hem bij Mariana te laten onderduiken, haar vriendin van de lagere school, die nu het oudste beroep ter wereld uitoefent. Hugo bevindt zich van het ene op het andere moment in een donker, benauwd slaapkamertje naast de kamer van Mariana. Mariana, een knappe maar humeurige vrouw, waakt over hem en heeft hem lief, maar net als Hugo is ze volledig afhankelijk van anderen.
Het leven van Hugo is een aaneenschakeling van luisteren, observeren en veel aanpassen. Hij leert over het leven, en de wreedheid, lelijkheid en grofheid ervan, maar ook over tederheid en edelmoedigheid.
Bloemen der duisternis is een verhaal over een grote liefde, van ontegenzeggelijke kracht, waarin de spanning steeds hoger wordt opgevoerd.