David Webb leidt een rustig bestaan in een Amerikaans universiteitsstadje. Totdat zijn vrouw wordt ontvoerd. Om haar te redden moet hij opnieuw Jason Bourne worden. Turbulente verwikkelingen voeren hem naar China. Daar ontmoet hij zijn ergste nachtmerrie: de echte Jason Bourne. The Bourne Supremacy is het middendeel van ludlums befaamde Bourne-trilogie.