Jason Bourne, de dodelijke internationale huurmoordenaar, was een valse identiteit van CIA-agent David Webb. Sinds zijn ontslag als spion leidt Webb een normaal leven als professor aan Georgetown University. Totdat hij moet opdraaien voor de moord op de enige personen die álles over Bourne wisten.
Nu Webb in het nauw zit, neemt hij opnieuw de Bourne-identiteit aan; zijn oude reflexen laten hem niet in de steek. Achtervolgd door een huurmoordenaar en door de CIA, die hem nu als een bedreiging beschouwt, ontdekt Bourne dat hij slechts een pion is in een dodelijk spel om het evenwicht in de wereld drastisch te verschuiven.