De cognitieve neurowetenschap streeft naar een integratie van psychologie en neurobiologie, in het bijzonder de kennis omtrent geestelijke processen en hersenfuncties. De kruisbestuiving tussen deze beide disciplines heeft er onder meer toe geleid dat er binnen de neurobiologie steeds meer aandacht wordt besteed aan de hogere cognitieve functies van de mens, zoals taal, geheugen en aandacht. Kennis van de anatomie en fysiologie van hersenen is echter ook voor de psychologie onontbeerlijk gebleken, met name om inzicht te krijgen in de structurele basis van hogere mentale processen.

De rode draad in Het hiërarchisch brein is het idee dat het menselijke brein een gelaagde, hiërarchische opbouw vertoont, waarbij er sprake is van een intensieve wisselwerking tussen ëhogere´ (evolutionair nieuwe) structuren en ëlagere´ (evolutionair oude) structuren.
De uitgave geeft een overzicht van de belangrijkste theorieën en ontwikkelingen, waarbij er niet alleen aandacht is voor klinische aspecten (gedrags- of functiestoornissen), maar ook voor het verloop en de organisatie van normale hersenfuncties. Onderwerpen die daarbij aan de orde komen zijn: structurele en functionele organisatie van de hersenen, evolutionaire principes, perceptie en actie, aandacht en bewustzijn, geheugen, emotie, verschillen tussen linker- en rechterhersenhelft en taal. Uiteraard is er ook aandacht voor het vraagstuk van de lokalisatie: waar in de hersenen zijn specifieke vormen van kennis opgeslagen en vinden mentale processen plaats.