Daniel Cross was ervan overtuigd dat hij een Assassin was en dat hij nu eindelijk een doel in zijn leven had gevonden. Maar toen door de Tempeliersorganisatie Abstergo geprogrammeerde verborgen herinneringen boven kwamen, vermoordde hij de mysterieuze leider van de Assassin's orde. De Tempeliers beschouwen hem nu als een held. De verwarde Daniel zelf wil echter niets liever dan zich verliezen in de Animus, waar hij de genetische herinneringen van zijn voorvaderen herbeleeft.