Voor Jeremy en zijn vrienden lijkt alles verloren: hij zit met Ulrich en Eva gevangen in de virtuele wereld van Lyoko, hun vijand X.A.N.A. heeft een bondgenootschap afgesloten met de terroristen van de Green Phoenix en heeft het verschrikkelijke wapen dat in Lyoko verscholen zat opnieuw geactiveerd, en Aelita zit gevangen in de Mirror, een ander stuk van de virtuele wereld die haar vader creëerde. Yumi en Odd zijn de enigen die in de werkelijke wereld achtergebleven zijn ... Hoe kunnen ze hun vrienden redden en X.A.N.A. en de Green Phoenix definitief verslaan? De enige manier is om het op een akkoordje te gooien met de Mannen in het Zwart ... De laatste, beslissende zet van de oorspronkelijke sage die zich afspeelt in de wereld van Lyoko.