In de oorlog van de 1OO dagen, tussen 8 december 1941 en 8 maart 1942, verloor de Gouverments Marine 54 schepen. Vier schepen zagen kans uit te wijken en zetten hun oorlogstaak voort in de Indische Oceaan en in de Australische wateren. Na de oorlog vormden zij de kern van een snel uit geallieerde voorraden opgebouwde scheepsmacht, die gedurende de politionele acties in Nederlands-Indië tekende voor de amfibische landingen en de zee-en kustbewaking, die in samenwerking met de Koninklijke Marine werd uitgevoerd. De Gouvernements Marine overleefde de souvereiniteitsoverdracht van december 1949 door met één schip naar Nederlands Nieuw-Guinea uit te wijken en in samenwerking met de aldaar reeds gestationeerde Gewestelijke Vaartuigen de civiele taken te continueren tot 1 oktober 1962.,