Amsterdam, maart 1669. Aan het eind van zijn leven vindt Rembrandt een klein boekje dat zijn zoon Titus heeft geschreven. Rembrandt mijn vader heet het. Benieuwd hoe hij er vanaf komt, begint de oude schilder te lezen. Zijn verleden komt tot leven: zijn schilderijen, zijn etsen, zijn tekeningen, zijn schulden, zijn vrouwen, zijn successen, zijn tegenslagen, zijn kinderen.
Het relaas van Titus wordt ondersteund met afbeeldingen in kleur van alle schilderijen van Rembrandt die zich in het Rijksmuseum bevinden, aangevuld met zijn etsen en tekeningen en werk van leermeesters, tijdgenoten en leerlingen. De verrassende details geven deze moderne historische roman een bijzonder reliëf.

Rembrandt mijn vader biedt een onthullend doorkijkje naar het Amsterdam van de Gouden Eeuw. Het hoogste bezoek dat de stad ooit had ontvangen, dat van Maria de Medici in 1638, komt aan de orde. Die gebeurtenis vormde opvallend genoeg de aanleiding voor het schilderen van De Nachtwacht. De grootse viering van de Vrede van Munster wordt beschreven, net als de spectaculaire brand in het oude stadhuis en de bouw van het nieuwe stadhuis op de Dam, waar Rembrandt zich in 1656 moest vervoegen toen hij bankroet ging.