Wanneer haar onderduikadres wordt gebombardeerd, besluit de jonge joodse jazz-zangeres Rachel Stein een poging te wagen de Biesbosch over te steken naar reeds bevrijd gebied. Maar haar boot stuit onverwachts op een Duitse patrouille en alle vluchtelingen aan boord worden op brute wijze afgeslacht. Als door een wonder weet Rachel aan de dood te ontkomen.
Zwartboek is een roman vol thrillerachtige plotwendingen over een zwarte periode in de Nederlandse geschiedenis.