Edal Jones komt op haar fietstochten een dakloze tiener tegen, die dode vogels van de stoep opraapt en vergezeld wordt door een enorme zwarte hond. Op een dag volgt Edal haar naar een ratjetoe van een huis aan de rand van Don Valley. Eigenaar Guy Howell biedt opvang voor zieke en gewonde dieren (en mensen): een halfdode havik, een weesnest wasbeertjes, een soldaat met hartfalen tijdens zijn eerste tour of duty, Stephen, het weggelopen tienermeisje en haar hond. Maar ook dierenarts Kate vindt haar weg naar Guys wereld van toegewijde dierenliefhebbers. Aarzelend en voorzichtig sluit Edal zich aan bij het groepje, al houdt ze haar werkelijke functie als ambtenaar van natuurbeheer verborgen. Ze beseft donders goed dat de geïmproviseerde opvang niet voldoet aan de honderden wettelijke bepalingen, maar het is een heilzame plek voor alle bewoners, dier en mens. De spanning loopt op als 'Coyote Cop' stelselmatig coyotes mutileert en afmaakt.
Fauna gaat evenzeer over dieren als over mensen, over de krachtmeting die ontstaat waar dier en mens elkaars gebied binnendringen. De Don Valley in Toronto lijkt zelf een jungle, en zijn fauna lijkt langzaam maar zeker de stad in te nemen.
Fragment: Ze ziet in gedachten het beeld van haar twee buren die zich samen op bed laten vallen. Misschien drukt Annie James wel tegen het dekbed; misschien halen ze dat niet eens maar blijven ze bij de stereo in hun kleine huiskamer, en duwt ze hem achterover op de sofa of nog lager, op het bloedrode tapijt waarvan Edal ooit door de deuropening een glimp opving. Edal draait zich op haar zij, trekt haar knieën op en slaat haar armen eromheen. Jezus, wat sneu. Ze moet huilen, haar kussen wordt nat van haar tranen en snot omdat een doodordinaire huismuis haar woning heeft verruild voor die van een ander. Aanvankelijk hield ze zichzelf voor dat ze hem bekeek door de ogen van een naturalist. Ze was zich al een poosje van zijn aanwezigheid bewust, maar ze zag hem pas op de eerste dag van haar ziekteverlof. Hij kwam brutaal van uit de donkere richel onder de koelkast gekropen en stak snuffelend zijn neus in de lucht voordat hij over de keukenvloer ging grasduinen. De muis wist niet beter of zij was naar haar werk in plaats van rond te lummelen in de kamer ernaast waar ze al een uur wakker lag, zich afvragend of ze iets moest ondernemen en zo ja, wat. Ze voelde warmte. Ze had het vreugde kunnen noemen, maar dankbaarheid kwam meer in de buurt. Ze bleef de rest van de ochtend doodstil liggen, starend naar dat kleine beestje dat bij haar over de keukenvloer rondscharrelde.