Afrekenen met Peper biedt een onthullend inzicht in de werkwijze van KPMG en de uitkomsten van het strafrechtelijk onderzoek tegen de gevallen minister. Gedetailleerd wordt beschreven waar Peper van werd beschuldigd en op welke wijze hij zich verdedigde.
In afzonderlijke bijlagen zijn per ries de uitkomsten van het OM-onderzoek beschreven en veelzeggende documenten opgenomen. In bijdragen van vier gastauteurs wordt bezien welke lessen uit de affaire kunnen worden getrokken.