Oorsprong is een onderdeel van het project om een wetenschappelijke metafysica te ontwikkelen. De basis hiervoor is de hedendaagse wetenschapsfilosofie en bestaande wetenschappen (fysica, astro-fysica, biologie, geologie, antropologie...). In eerste instantie wordt het begrip metafysica omlijnd. Het wordt daarbij duidelijk dat er geen sprake van is een eenvoudig fysicalistisch reductionisme uit te werken. Apostel presenteert vervolgens een ontologie waarin zowel zijn als worden een plaats heeft. De mens, de levende natuur en het materiële universum worden in opeenvolgende hoofdstukken vanuit hun ontstaansproces beschreven en vergeleken. De ontologie laat toe hen in een wereldbeeld te verenigen. In een laatste hoofdstuk ontwikkelt Apostel de idee van een objectief gevoelsgeladen waarderen van de totaliteit en haar delen.