Van heinde en verre lokt de welvaart van Amsterdam in de zeventiende eeuw mensen van allerlei komaf naar zich toe. Arme sloebers en avonturiers, sommigen hopend op werk, anderen vertierzoekend. Dan worden op een nacht de waard van de Stadsherberg en zijn zoon gruwelijk vermoord. Willem Lootsman, de waterschout van Amsterdam, gaat uitzoeken wie van de gasten de schuldige is. Maar iedereen is meer geïnteresseerd in een geheimzinnig pakje, zoals de waterschout tot zijn schade moet ondervinden. Pas wanneer hij de inhoud van het pakje kent en een wrede executie op de Dam heeft bijgewoond, weet hij de raadselen die deze moorden omgeven, op te lossen.

'Een herberg in de nacht' is de derde spannende detective van historicus Ashe Stil, die de lezer meevoert langs de sloppen van de Gouden Eeuw.