In 1984 verrichtte de afdeling Bouwhistorie, Archeologie en Monumenten van de gemeente 's-Hertogenbosch een opgraving op het kerkhof van de Sint-Jan. Dit archeologisch onderzoek aan de noordkant van de kerk vormde de aanleiding voor een historische studie waarin de aangetroffen skeletten en hun bijgraven in hun historische context worden geplaatst. In Dood en begraven in 's-Hertogenbosch. Het Sint-Janskerkhof 1629-1858 wordt aandacht geschonken aan het beheer, het gebruik en het aanzicht van de begraafplaats. Verder wordt stapsgewijs de periode vanaf het sterven tot en met de grafruiming en herbegraving beschreven. Om een uitspraak te kunnen doen over de gevonden skeletten worden ten slotte de doodsoorzaken en sociale status van de begravenen onderzocht. Hierbij bleek dat het vooral kinderen en militairen waren die in 1984 zijn opgegraven op dit deel van het kerkhof.