De tweeling Jared en Simon en hun zus Mallory zijn verhuisd uit New York. Ze wonen nu met hun moeder in het oude, afgelegen huis van hun oudoom Arthur Spiderwick. Sinds de verhuizing gebeuren er vreemde dingen. Er verdwijnen spullen en er gebeuren aan de lopende band onverklaarbare ongelukjes, waarvan Jared steeds de schuld krijgt. De drie gaan op onderzoek uit en ontdekken dan de fantastische waarheid over het Spiderwick-landgoed en over de bijzonder wezens die er wonen.