Zikiya groeit op als een vaderloos herdersjongetje in Oost-Congo. In zijn studietijd golft de bloedige strijd in Rwanda de grens over en ontdekt hij dat hij een Tutsi is. Vanwege zijn afkomst raakt hij betrokken bij de Eerste Afrikaanse Wereldoorlog en vecht hij aan de zijde van Kabila tegen dictator Mobutu.
Het uur van de rebellen is een verhaal over verraad en eenzaamheid in het hart van Afrika. Het gaat over een man - dader en slachtoffer tegelijk - die heen en weer wordt getrokken tussen trouw aan zijn volk en trouw aan zijn land.