In De meerkoet gaat Remco Daalder, stadsbioloog bij de gemeente Amsterdam, op expeditie naar het Markermeer, het IJ en de grachtengordel om de geheimen van deze meest menselijke aller vogels te doorgronden. Meerkoeten zijn overal waar water is. Het zijn alledaagse dieren die een alledaags bestaan lijken te leiden, maar schijn bedriegt. Sommige koeten zijn hun hele leven trouw aan hun nestplek en hun partner, andere zijn ongebonden avonturiers, die de Middellandse Zee overvliegen om op de Nijl te overwinteren of de Sahara oversteken om neer te strijken in Liberia. Meerkoeten hebben een enorm verspreidingsgebied. Ze komen voor op de Herengracht in Amsterdam, maar ook in de bergen van Nieuw-Guinea. Ze redden zich overal, bijten fel van zich af en maken zelf wel uit wat ze met hun leven doen.