Khaled is een bijzondere jongen: nog voor zijn geboorte is hij al bevriend met zijn oudtante en tante. Net als Khaled komen zij uit Gaza en net als Khaled kennen zij een leven dat in het teken staat van vluchten, angst en gevaar. Ook de jonge Palestijns-Amerikaanse arts Nur stamt, zonder het te weten, van hen af. Ze wordt met haar familie herenigd wanneer ze naar Palestina vliegt om Khaled te behandelen, die aan het locked-in-syndroom lijdt.
In Het blauw tussen hemel en zee vertelt Khaled de verhalen van zijn Palestijnse familie. Zo schetst hij een aangrijpend beeld van de oorlog die Gaza nu al drie generaties in zijn greep houdt.