In de tweede editie van En dan is er Java zijn een aantal essentiële wijzigingen aangebracht: event-handling is volgens het event-model van Java 1.1, een aantal onderwerpen is toegevoegd en de volgorde van sommige onderwerpen is gewijzigd. De toevoegingen zijn:
- Het maken van applicaties - Exception handling
- Streams
- Geluid
- UML-diagrammen
De onderwerpen selecties en iteraties worden in de tweede druk eerder besproken en de aandacht voor algoritmiek is vergroot. Verder is de tekst op talloze plaatsen verbeterd.