In De zoon van de accordeonist volgen we de geschiedenis van twee vrienden: Joseba en David, de zoon van de accordeonist. In Californië noteert David, kort voor zijn te vroege overlijden, zijn persoonlijke geschiedenis en die van jonge Basken van zijn generatie, geboren omstreeks 1950. Hij vertelt over zijn jeugd in Obaba, waar Franco-aanhangers zich tijdens de Spaanse Burgeroorlog schuldig hebben gemaakt aan moord en zich ongestraft meester hebben kunnen maken van sleutelposities en eigendommen. David komt tot de gruwelijk pijnlijke ontdekking dat zijn vader in die tijd een heel andere rol heeft gespeeld dan hij ooit kon vermoeden. Davids schooltijd komt aan bod, en zijn studententijd waarin de aantrekkingskracht van de Baskische nationalistische beweging zich doet gelden.
Davids compacte memoires worden door zijn vroegere klasgenoot, vriend en schrijver Joseba met aanvullingen tot een boek verwerkt. Enkele weken voor Davids dood voert het verhaal terug naar Californië. Joseba bezoekt zijn geëmigreerde vriend voor de laatste maal en in een verrassende en dramatische ontknoping wordt onthuld hoe in 1976 drie jongeren zich weten los te maken uit het activisme en hoe hun leven verdergaat.