Na de 4e wereldoorlog staat de aarde onder sterke Aziatische invloed, waarbij Japan een toonaangevende rol speelt. Een speciale legereenheid, "shell" getiteld, bestrijdt het opkomende terrorisme. De geheimzinnige en dodelijke majoor Kusanagi en haar team krijgen de opdracht een produktiecentrum van de Japanse regering te onderzoeken, waar men het met de mensenrechten niet zo nauw neemt. Maar Kusanagi begint te twijfelen. Is het eigenlijk wel zinvol wat zij moet doen? Of is ze maar een pion op het schaakbord van de wereldpolitiek?