Een koerier onderweg naar het ministerie van oorlog in Londen in 1803 wordt vermoord gevonden, zijn geheime documenten zijn gestolen en op zijn lichaam wordt een mysterieus briefje met een klein zwart symbool in de vorm van een zwarte tulp gevonden. De autoriteiten staan perplex. Nu pas, twee eeuwen later, weet de jonge studente geschiedenis Eloise Kelly, die haar scriptie schrijft over spionnen ten tijde van Napoleon, het geheim van de Zwarte Tulp te ontrafelen. Ze krijgt een geheim codeboek in handen dat de Engelse Lady Henriëtta aan het begin van de 19e eeuw geschreven heeft en ontdekt daarin dat de Zwarte Tulp, de dodelijkste spion van Napoleon, in 1803 vanuit Frankrijk is teruggekeerd naar Engeland met een beangstigende missie.