In Het monotheïstisch dilemma werpt Paul Cliteur de vraag op wat de relatie is tussen religie en geweld. Het Israëlisch-Palestijns conflict wordt steeds meer gezien als een strijd om religieus gefundeerde claims op land. In de Verenigde Staten is onlangs de moordenaar van een abortusarts veroordeeld. En op vlucht 253 van Northwest Airlines van Amsterdam naar Detroit werd tijdens Kerstmis 2009 een islamistische terrorist gearresteerd.

Cliteur concentreert zich op terroristisch geweld dat zich beroept op een van de grote monotheïstische godsdiensten. De religieuze terrorist kan worden gezien als een "gewetensdader' die zich in een "dilemma' bevindt: moet hij de wetten van het land gehoorzamen of de wetten van God? Cliteur gaat niet alleen uitvoerig in op de actualiteit, met onder meer een zeer uitvoerige analyse van de Deense cartoonaffaire, maar gaat tevens te rade bij Europese verlichtingsdenkers als David Hume en baron d'Holbach.

Cliteurs standpunt is geen verdediging van atheïsme. Ook is hij niet negatief over godsdienst in het algemeen of zelfs over de drie monotheïstische godsdiensten. Hij betoogt wel dat in het monotheïsme (vooral in het Oude Testament) aanknopingspunten liggen voor radicalisme dat tot geweld kan leiden. Pas wanneer we goed weten wat die aanknopingspunten zijn, kunnen we ons daarvan bevrijden.