In Otto's oorlog wordt een periode van veertig jaar omspannen. De gebeurtenissen beginnen op 14 mei 1940 in Rotterdam, de dag van het grote bombardement, en eindigen op een paradijselijk, maar van alle mensen verlaten eilandje voor de kust van Mauritanië. Drie mannen onderweg: Wessel Matser, die het leven bestudeert, Simon Jorna, die het leven fotografeert en Otto Stein, die het leven ondergaat. Tegen de achtergrond van de onthechting en spanning van expedities naar exotische plaatsen in Turkije, Senegal, Spanje en Mauritanië, worstelt Otto Stein met de nawerkingen van de oorlog.