Middlesex vertelt het verhaal van Calliope Helen Stephanides, die er op haar veertiende achter komt dat zij biologisch zowel man als vrouw is. Wanneer zij verstrikt raakt in het medische circus dat ontstaat door de uniciteit van haar afwijking, slaat ze op de vlucht om zelf haar gender te ontdekken.
Door de rijke en dramatische geschiedenis van de familie Stephanides te vertellen, legt Cal de oorsprong van haar/zijn 'biologische excentriciteit' bloot. Als een zijden draad van de rupsen van haar grootmoeder Desdemona begint het verhaal in een Grieks dorpje nabij Smyrna in 1922 en ontspint het zich naar het Detroit van de jaren dertig, naar de desintegratie van de stad en de rassenrellen in de jaren zestig en de gevolgen van het Vietnam tijdperk. In deze pageturner van epische omvang weeft Eugenides de verhalen van een Griekse familie en Amerika ineen tot een geheel originele roman.