Met een bizarre moord keert meesterterrorist Carlos terug in het leven van David Webb. Webb moet opnieuw Jason Bourne worden om hem te elimineren. Zijn strategie is levensgevaarlijk: als valstrik gebruikt hij de Medusa Brigade, een organisatie die tijdens de Vietnamoorlog werd opgezet door corrupte officieren.
The Bourne Ultimatum vormt het slot van Ludlums befaamde Bourne-trilogie. In 2002 maakte een nieuw, jong publiek kennis met dit verhaal door de opwindende film met Matt Damon als Jason Bourne.
Ter gelegenheid van de dvd/video-release van The Bourne Identity krijgt de trilogie nu een nieuwe, op de film geënte identiteit.