Jason Bourne wordt tijdens een nieuwe missie verrast doordat een voormalig tegenstander met hem wil samenwerken. Van hem krijgt Bourne te horen dat Boris Karpov, het hoofd van de Russische geheime politie, is ingehuurd om Bourne te vermoorden.
Wie kan Jason Bourne vertrouwen nu hij weet dat er elk moment een mes in zijn rug kan worden gestoken?