Gehn vermoedt dat Atrus de gave bezit nieuwe werelden te creëren door deze nauwkeurig te beschrijven. Gehn wil deze krachten gebruiken om zelf oppermachtig te worden. Maar anders dan zijn vader, voelt Atrus zich verantwoordelijk voor de mensen en de werelden die hij schept. Hij roept de hulp van Catherine in om een wereld te redden die zijn vader tot de ondergang gedoemd heeft. Catherine en hij scheppen het eiland Myst als schuilplaats in de hoop daar veilig te zullen zijn voor de boosaardige Gehn...