David Webb leidt een rustig bestaan in een kleine stad New England, waar hij lesgeeft aan de universiteit. Totdat zijn vrouw wordt ontvoerd. Om haar te redden moet hij opnieuw de man worden die hij nooit meer had willen zijn: Jason Bourne. Turbulente verwikkelingen voeren 'Jason Bourne' van Washington naar Hong Kong, en uiteindelijk naar China. Daar ontmoet hij zijn ergste nachtmerrie: een andere Jason Bourne.