Als Rowan tweeënhalf jaar is, wordt de diagnose gesteld dat hij autistisch is. De wereld van zijn vader Rupert Isaacson en zijn moeder Kristin stort in. Rowan lijdt aan spastische aanvallen en is onhandelbaar. Binnen korte tijd verliezen de ouders al het contact met hem. Op een dag kruipt Rowan tijdens een wandeling door een afrastering. Opgetogen lachend laat hij zich op zijn rug op de grond vallen, pal voor een grote merrie. Rupert weet als paardentrainer dat de situatie levensgevaarlijk is: één verkeerde beweging kan de merrie doen schrikken en Rowan wordt vertrapt. Wat er dan gebeurt is even bijzonder als ongelooflijk.

De paardenjongen is het unieke en hartverwarmende verhaal van Rupert en zijn zoon Rowan, die samen de therapeutische kracht van paarden ontdekken. Ze ondernemen een reis door Mongolië, de enig overgebleven plek ter wereld waar nomadenstammen volgens oude rituelen samenleven met paarden. Het wordt een reis die het uiterste vergt van het gezin en hun relatie met elkaar danig op de proef stelt, maar die hun levens ook voorgoed zal veranderen.