De deserteurs speelt zich af gedurende de Amerikaanse vrijheidsoorlog. Philadelphia is dan het morele en politieke middelpunt van de wereld. In de stad zetelt het Continentale Congres, dat besluit de slavenhandel in de kolonies te verbieden. Voor vier vrienden van zeer verschillende afkomst, van wie drie aan de universiteit van Princeton studeren, is deze afschaffing bepalend voor hun eigen toekomst. Het zijn Timothy Blincker uit Philadelphia, John Trotman uit Barbados, Ho Ping Wang uit China en Mohammed Sundiata uit Senegal. Ze brengen hun vrije dagen bij de vooraanstaande familie Blincker door met filosofische discussies en roeipartijen op de Delaware rivier. Aan hun liefderijk, idyllische bestaan komt plotseling een eind als ze op een avond voor de oorlog tegen Engeland worden geronseld. Vanaf dat moment is hun probleem niet alleen hun eigen vrijheid te heroveren, maar hoe vertrouwen te geven aan een nieuwe, zich vormende natie die in de strijd om haar eigen vrijheid minachting toont voor die van ieder ander.