Advocaat van de vijand is gebaseerd op het proces voor het Amerikaanse Hooggerechtshof in juni 2006, waarbij de berechting van Guantánamo Baygevangene Salid Hamdan, voormalig chauffeur van Osama Bin Laden, ongeldig werd verklaard. Knoops trad tijdens dit proces op als expertconsultant van de verdediging.

Het werd een geruchtmakend en historisch belangrijk proces.

In 2001 is de Jemeniet Abu Salid opgepakt in een dorpje in Afghanistan. De Amerikanen zien hem als een belangrijke terreurverdachte die betrokken was bij het plannen van aanslagen en sluiten hem op in Guantánamo Bay. Salid ontkent echter dat hij iets wist van de plannen van Al Qaida. Hij was slechts de chauffeur van Bin Laden.

Baldwin en Emmerson raken overtuigd van de oprechtheid van Salid. Omdat gevangenen in Guantánamo Bay niet onder het Amerikaanse rechtssysteem vallen, begint een lange strijd om het recht te laten zegevieren. Een strijd waarin de advocaten een speelbal dreigen te worden van internationale krachten en de grenzen tussen goed en kwaad vervagen.