Historicus Peter Lavell en archeoloog Patrick Neveux worden door Sir Oliver Guardner uitgenodigd om in Caïro het werk van diens vader, die in de jaren dertig tijdens een onderzoek op mysterieuze wijze omkwam, voort te zetten. Een gestolen papyrus uit het graf van Toetanchamon brengt hen uiteindelijk naar de necropolis in Sakkara en
het lang verborgen graf van farao Imhotep. Maar naarmate ze verder doordringen in de mysteries van het oude Egypte worden ze steeds meer tegengewerkt door partijen die hun onderzoek liever in de doofpot zien verdwijnen.
Project Sakkara is een thriller met zijn wortels in de mysteries van de Egyptische oudheid, een filmische roman die elementen uit de geschiedenis, mythologie en wetenschap combineert met een strakke plot en veel actie.