'Het binnenste ei' is misschien in de eerste plaats een zelfonderzoek of het verslag van een onttruttingsproces. Judith, de ik-figuur, herleeft in flarden de gebeurtenissen, die zich in een herfst vier jaar geleden hebben afgespeeld, toen ze nog getrouwd was en een druk en tamelijk problematisch liefdeleven leidde. Gaandeweg verkrijgt ze inzicht in veel, dat ze zich door wat extremere adepten van de seksuele revolutie ('alles mag dus alles moet') heeft laten aanpraten. Ze ziet duidelijker hoe haar herinnering de gebeurtenissen heeft vervalst en welke interpretaties ze toen nodig heeft gehad, terwijl ze zich nu kan permitteren om eerlijker tegenover zichzelf te zijn. Uit haar commentaar - variërend van ernstig tot ironisch - blijkt hoe ze beetje bij beetje afstand neemt van wie ze vroeger van zichzelf en haar haar omgeving moest zijn.
Maar behalve door het verleden wordt Judiths groeiproces ook gevoed door praten en nadenken en om zich heen kijken naar hoe andere mensen hun emoties omgaan. Haar verslag hiervan in dagboekachtige aantekeningen (gesprekken, citaten, fabels, essays) voert haar naar een begin van eigenliefde.
Maar het binnenste ei is ook een verhaal over een paar maanden huwelijk, die culmineren in een middag waarin iemand twee uur wachten moet op de uitslag van een test.