Onder ijsbergen speelt op Groenland. De bewoners van dit grootste eiland ter wereld zouden niet kunnen bestaan zonder de hulp van een van de kleinste landjes ter wereld. Denemarken. Die hulp leidt echter tegelijkertijd tot de ondergang van hun eigen, eeuwenoude cultuur.
Onder ijsbergen schetst die ondergang aan de hand van het verhaal van rechter Jakob Olsen, die als waarnemer voor de Deense regering de achtergronden van een merkwaardige moordzaak moet onderzoeken. Maar Jakob Olsen begint gaandeweg steeds meer te twijfelen aan de waarden van het systeem dat hij vertegenwoordigt en wordt uiteindelijk het slachtoffer van zijn eigen onderzoek.